Sau khi nhà Lê sơ bị nhà Mạc soán ngôi, vấn đề chính thống và ngụy triều nổ ra trong cuộc đấu tranh giữa các tập đoàn và khi thế Nam ‒ Bắc này chưa chấm dứt hẳn thì thế Nam ‒ Bắc khác lại hình thành. Cũng như thời Tam Quốc trong lịch sử Trung Quốc, khi nhà Hán suy, các chư hầu nổi dậy đều lấy danh nghĩa giúp nhà Hán; tại nước Đại Việt khi đó, cả Trịnh và Nguyễn đều danh nghĩa chống Mạc để giúp nhà Lê. Các vua Lê vẫn có ngôi, có hiệu, có tên trong sử sách, nhưng chỉ ngồi làm vì. Trịnh và Nguyễn cùng giương cờ "Phù Lê diệt Mạc", Tây Sơn giương cờ "Phù Lê diệt Trịnh". Giáo sư sử học Văn Tạo trong tạp chí "Nghiên cứu lịch sử" có bài viết "Nhà Mạc và vấn đề ngụy triều", trong đó nêu rõ: Mạc là ngụy công khai, Trịnh và Nguyễn là ngụy giấu mặt. Việc vua Lê Chiêu Thống đã lên ngôi thay vua Cảnh Hưng năm 1786, nhưng Nguyễn Ánh, với danh nghĩa "phò Lê", song vẫn nhất định dùng niên hiệu Cảnh Hưng đến tận năm 1801 đủ cho thấy trong lòng Nguyễn Ánh có nhà Lê hay không. Việc Nguyễn Ánh gửi gạo ra Bắc giúp quân Thanh thực ra là muốn thêm người đánh Tây Sơn chứ không thực bụng giúp nhà Lê. Nói tóm lại, nhà Lê là chính thống trong thời điểm đó nhưng bị các thế lực phong kiến khác chi phối.

Về nguyên nhân sụp đổ của nhà Lê là do Lê Chiêu Thống cầu viện quân Thanh khiến lòng người dân bấy giờ chán ghét hơn trước và sụp đổ là lẽ tất yếu của lịch sử, dù cho sau này nhiều thế lực khác nổi dậy đòi khôi phục nhà Lê cũng đều thất bại.